A fístula anal pode surgir como resultado da evolução natural de um abscesso localizado na região anorretal. Estes abscessos podem regredir sem deixar problemas adicionais.

Entretanto, podem evoluir com drenagem (espontânea ou cirúrgica) do material purulento. Nestes casos, o espaço antes ocupado pela secreção não cicatriza totalmente após drenagem, formando então um canal que comunica o interior da região anorretal com alguma parte externa do ânus. A este canal ou trajeto dá-se o nome de fístula. Quando a fístula se forma, o mais comum é que não desapareça espontaneamente, sendo por este motivo indicado o tratamento cirúrgico. Para alguns tipos de fístula o tratamento cirúrgico mais apropriado é a aplicação do seton ou Sedenho (um fio cirúrgico ou cateter passado por dentro do trajeto). Este sedenho permanece no local por determinado tempo, de acordo com o caso. Outros tipos de cirurgia são indicados, conforme as características do trajeto fistuloso encontrado. Atualmente as propostas cirúrgicas estão baseadas na preservação da função do esfíncter. Para complementar o estudo da fístula anal antes da cirurgia são disponíveis a ressonância magnética e a ultrassonografia 3D. Estes exames auxiliam sobremaneira o cirurgião quanto à localização ou mapeamento do trajeto fistuloso, antes do planejamento cirúrgico.

O abscesso anorretal se manifesta como bolsa de secreção purulenta (pus) e pode surgir em qualquer região superficial ou profunda da região anal e perianal, bem como em torno do reto. As causas mais comuns de abscesso são: fissura anal, inflamação das criptas anais (criptite), evacuação difícil e traumática, corpos estranhos ingeridos inadvertidamente junto com os alimentos (p.ex.: fragmentos de osso, espinha de peixe, próteses dentárias, palito de dente). Conforme já mencionado, a evolução natural de um abscesso anal pode resultar na formação de uma fístula.